曼奴埃尔逝世之后，年龄还不到20岁的若奥三世继位了，他在位长达36年，在那个期间葡萄牙成立了宗教裁判所，压造其时葡萄牙地域的自在思惟，而且承受了耶稣会士的进入，在若奥三世维持帝国不变运转的近40年里，他扩大了一部门领土，而且在那个期间，他判断的选择了维持和守成，在那个期间获得了显著的成就阿尔卡塞尔。
若奥三世在北非，巴西和印度的战略阿尔卡塞尔。
北非的守成战略1593年，若奥三世手下的大臣就国度的场面地步向王国提出陈述，他希望国王可以减轻国度经济承担，放弃北非的部门城市，那些城市中就有摩洛哥的萨菲和阿泽穆尔，那些城市消耗了葡萄牙大量的财力和物力，那两个地域关于葡萄牙现实上的意义很小很小阿尔卡塞尔。
而且在那个时候，一个强有力的阿拉伯政权摩尔人呈现了，它诡计将葡萄牙的权力赶出北非的沿海地域，就如许两边展开了激战，成果马格里布被摩尔人占领，萨菲和阿泽穆尔那两个地域其实无法保住了，因而若奥于1542年放弃了萨菲和阿泽穆尔，然后于1549年又放弃了阿尔卡塞尔，最初又放弃了阿尔济拉，最末若奥三世只保留了最后占领的丹吉尔个休达，桑塔克鲁斯德古儿以及马扎冈等四个要塞阿尔卡塞尔。固然就目前看，葡萄牙丧失很大，但是最末仍是保留了一些处所，他对峙守成的战略是胜利的。
巴西的开辟战略1530年，若奥三世为了争取战略的主动性，采纳了永久征服巴西的第一个步调，他派出了精明强干的索萨前去巴西，赶走了巴西沿海的外国人，成立一个永久属于葡萄牙的居留地阿尔卡塞尔。
后续若奥三世在巴西设立了世袭长领地轨制以及在巴伊亚成立中央政府，那必然的期间里，维持了葡萄牙人在在沿海地域的统治，数以千计的葡萄牙人来到巴西沿海地域来定居，巴西就如许垂垂的被葡萄牙殖民化了阿尔卡塞尔。
那中间还发作了一个插曲，葡萄牙人在殖民巴西地域的时候，碰到了法国人的挑战，1555年阿尔卡塞尔。一批法国人在维莱盖龙的率领下，在瓜纳巴拉海湾成立了一个居留地，最末葡萄牙在葡萄牙驻巴西总督梅姆的率领下将那批外来者驱逐出巴西境内，就如许巴西的沿海地域从南到北根本上都处于葡萄牙人的控造之下。
印度的守成战略印度地域由上一任的皇帝曼奴埃尔开辟，而且占领，但是到了如今，印度人关于葡萄牙人的统治很是不满，因而两边发作了屡次激战，最重要的战争是发作在1545到1546年之间，那场战斗是由印度总督卡斯特罗批示的，他的总军力是少于印度人的，但是最末他仍是以200的少数军力击败了印度人，从而保住了整个葡属印度阿尔卡塞尔。就如许，大半个印度仍是在葡萄牙人手上掌控着。
耶稣会士去往葡萄牙及海外殖民地
1539年，国王若奥三世就通过里斯本驻教廷的大使马士加路也恳求罗耀拉派耶稣会士前去葡萄牙，1540年6月，第一批两位耶稣会士来到葡萄牙的首都的里斯本，此中有耶稣会最后的两名创建者罗德里格斯以及方济各，他们的到来令若奥三世感应非常快乐，若奥三世觉得耶稣会士会在许多方面有利于他国度的宗教事业阿尔卡塞尔。
他们的到来使得葡萄牙的耶稣会在葡萄牙各处开花，他们在葡萄牙成立了属于本身的文化教育事业阿尔卡塞尔。那是他们布道中最重要的一部门，他们先后先后成立了科英布拉大学的人文学院以及埃武拉大学中的圣灵学院，那些学院为耶稣会培育了许多布道士以及王室仕宦。
耶稣会士除了在葡萄牙本国积极地展开布道和文化教育活动以外，在葡萄牙海外殖民地的布道事业中也阐扬了至关重要以至是决定性的感化阿尔卡塞尔。
1556年，葡萄牙耶稣会注销名录的总共有70名会士在东方布道，此中32名住在果阿，16名在印度的其它处所，5名在东南亚地域，还有5名在日本，到了1569年，总共葡属印度共有37名耶稣会神父，87名修士，此中在果阿有71名，在印度的其它地域有27名，在东南亚地域有10名，还有8名在霍尔木兹和埃塞俄比亚阿尔卡塞尔。
而在巴西地域，从1549年到1590年，总共有128名耶稣会士从葡萄牙来到巴西，他们一方面在农村处置布道工做，另一方面也在城市里处置布道事业阿尔卡塞尔。在巴西成立了古老的学院，第一个成立的古老学院叫做圣保禄学院。就如许，耶稣会从18世纪50年代起头，巴西的布道事业，文化教育方面都被耶稣会所垄断。
葡萄牙宗教裁判所的成立
为了镇压异端和异教徒，葡萄牙上帝教就在境内和海外殖民地设立宗教裁判所阿尔卡塞尔。宗教裁判所，词源于拉丁文，是查询拜访和追查的意思。它是罗马教会设立的对于异端和异教的机构。
若奥三世即位后，决定将宗教裁判所引入他的国度，次要是为了对于隐秘的犹太教徒，若奥三世时代，葡萄牙先后有6座城市设立了宗教法庭，他们别离是里斯本，科英布拉，埃武拉，波尔图，拉美戈和托马尔阿尔卡塞尔。
葡萄牙宗教裁判所
后续，葡萄牙宗教裁判所还被移植到了海外的殖民地，出格是葡属印度的果阿，就如许，宗教裁判所遍及葡萄牙所有的领土范畴内阿尔卡塞尔。
葡萄牙本国之所以引入裁判所，是因为若奥三世期间，葡萄牙上帝教会为了全面贯彻特兰拖大公会议会的决议的成果，同时，它在文化思惟范畴形成的后果就是末结了自15世纪天文大发现初期就已经起头的文艺复兴活动，至此有很长的一段期间里文化思惟范畴充溢着一片肃杀之气阿尔卡塞尔。
葡萄牙海外殖民地的宗教裁判所是葡萄牙国内宗教裁判所的机构的延续，其目标就是逃捕那些流亡海外的带着所谓“新基督徒”名号的隐秘的犹太人，同时它也强迫了殖民地本地的人民改信基督教阿尔卡塞尔。
写在最初：若奥三世为政的时候，因为国度综合才能有限，无法控造所有的殖民地，因而只能选择战略性的守成和开辟阿尔卡塞尔。而且在那个期间，他允许耶稣会士进入葡萄牙布道开展，在那个开展的期间，若奥三世为了对于异教徒，又允许耶稣会在葡萄牙地域成立宗教裁判所，到了后续，若奥三世又号令耶稣会士到印度，远东以及巴西地域布道，就是为了让异教徒国家里伸展上帝教的崇奉，最末的目标也是为了便利本身统治那些殖民地。
